Od 2012 r. istotnym źródłem finansowania parków narodowych są środki funduszu leśnego (FL) zarządzanego przez Państwowe Gospodarstwo Leśne Lasy Państwowe (LP). Zasady gromadzenia i wydatkowania środków FL zostały określone w ustawie o lasach i rozporządzeniu Rady Ministrów w sprawie szczegółowych zasadach gospodarki finansowej w LP. Na środki funduszu leśnego (dochody), które mogą być przeznaczone na dofinansowanie działań realizowanych w lasach znajdujących się w użytkowaniu wieczystym parków narodowych, składają się wpływy z tytułu: kar i opłat związanych z wyłączeniem gruntów leśnych z produkcji oraz należności wynikające z odszkodowań z tytułu przedwczesnego wyrębu lasów. W ramach FL mogą być finansowane m.in. działania związane z czynną ochroną siedlisk leśnych oraz badania naukowe.