Park chroni swoją różnorodność gatunkową przede wszystkim poprzez ochronę siedlisk, zatem działania dotyczące ochrony wód, lasów i ekosystemów nieleśnych służą również konkretnym gatunkom roślin, zwierząt i grzybów. Na przykład wiele rzadkich gatunków roślin występuje na torfowiskach, dlatego też zachowanie tych siedlisk jest ważnym celem działań ochronnych parku. Głównym zagrożeniem dla torfowisk jest ich zarastanie krzewami i drzewami. W miejscach występowania wielu rzadkich gatunków usuwane są krzewy i utrzymywana otwarta przestrzeń torfowisk. Koszenie i wycinanie krzewów na podmokłych łąkach sprzyja na przykład ważkom, motylom i derkaczowi. Zachowanie przestrzeni otwartych służy między innymi obecności orlika krzykliwego.
Gatunki chronimy również w sposób czynny, dostosowany do ich specyfiki i potrzeb
Przykładem czynnej ochrony kilkudziesięciu gatunków owadów gniazdujących w podłożu gliniastym, jest tworzenie zastępczych siedlisk – obiektów zbudowanych z gliny i ustawionych w różnych częściach parku. Są one azylem dla owadów dawniej zasiedlających gliniane ściany budynków wiejskich. Tradycja budowania z gliny była kiedyś na Suwalszczyźnie częsta.
Dziko żyjącym pszczołom służy utrzymanie barci oraz kłód bartnych zawieszonych na drzewach. Aktualnie jest w parku 16 barci bądź kłód. Wokół nich pielęgnowane są miododajne drzewa i krzewy owocowe.
W lasach parku realizowany jest program reintrodukcji cisa pospolitego, gatunku, który zniknął z tego terenu w wyniku gospodarki człowieka. Na niewielkich ogrodzonych powierzchniach sadzony jest ten cenny gatunek drzewa.
Od wielu lat park konsekwentnie odbudowuje populację siei, ryby która prawie wyginęła w jeziorze Wigry. Działania polegają na wspieraniu naturalnego tarła poprzez sztuczne zarybienia. Co roku do wód Wigier trafia wylęg wyhodowany w parkowej wylęgarni ryb. Lokalna populacja siei jest też wzmacniana poprzez zarybienia narybkiem pochodzącym z ośrodka hodowli ryb PZW w Gawrych Rudzie.
Zimowe koszenie trzciny na jeziorze Wigry (do 20 ha w układzie naprzemiennym) służy dwóm celom:
- poprawie warunków tarła ryb oraz bytowania narybku,
- stworzeniu miejsc lęgowych dla gatunków pływających (kaczki, perkozy, łyski, mewy, rybitwy).
Czynna ochrona płazów polega m.in. na zmniejszaniu śmiertelności tych zwierząt w czasie wędrówek z miejsc zimowania do wód. Staraniem parku wykonane zostały zabezpieczenia uniemożliwiające płazom wejście na drogę, gdzie zostałyby rozjechane kołami pojazdów, i pozwalające im bezpiecznie przejść na drugą stronę jezdni podziemnymi przejściami.
Choć starych drzew w lasach parku wciąż przybywa, nadal nie ma w nich dużej liczby drzew dziuplastych. Dlatego też leśnicy rozwieszają w różnych miejscach budki lęgowe, umożliwiając lęgi wielu gatunkom ptaków. Specjalne budki rozwieszane są również dla orzesznicy – ssaka z rodziny popielicowatych.
Jedną z form ochrony jest wyznaczanie stref ochronne wokół miejsc występowania, rozrodu lub regularnego przebywania. Na terenie parku wyznaczono:
- 7 stref wokół miejsc występowania granicznika płucnika,
- 2 strefy wokół gniazd bielika,
- 1 strefę wokół gniazda orlika krzykliwego,
- 1 strefę wokół gniazda bociana czarnego.
Nadzieja na nowe miejsca rozrodu bielika, rybołowa i bociana czarnego jest powodem budowania sztucznych platform gniazdowych. Dotychczas powstały 3 takie platformy, w planie są kolejne.
Niektórym roślinom i ich zbiorowiskom zagrażać może ekspansja gatunków obcego pochodzenia – tych, które mają zdolność do szybkiego opanowywania nowych siedlisk i wypierania z nich rodzimej flory. Dlatego tez park aktywnie zwalcza niektóre obce gatunki roślin. Udało się radykalnie zmniejszyć liczebność barszczu Sosnowskiego i niecierpka gruczołowatego.
Park zapewnia opiekę dzikim zwierzętom, które uległy wypadkom - znalezionym na terenie WPN lub dowiezionym z okolicy. Pod opieką pracownika parku oraz przy pomocy weterynarza w wolierze w Maćkowej Rudzie dochodzi do zdrowia wiele rannych ptaków, a niekiedy także ssaków. Te, które wyzdrowiały i są zdolne do samodzielnego życia, są wypuszczane na wolność.
Dziko żyjącym pszczołom służy utrzymanie barci oraz kłód bartnych zawieszonych na drzewach. Aktualnie jest w parku 16 barci bądź kłód. Wokół nich pielęgnowane są miododajne drzewa i krzewy owocowe.
W lasach parku realizowany jest program reintrodukcji cisa pospolitego, gatunku, który zniknął z tego terenu w wyniku gospodarki człowieka. Na niewielkich ogrodzonych powierzchniach sadzony jest ten cenny gatunek drzewa.
Od wielu lat park konsekwentnie odbudowuje populację siei, ryby która prawie wyginęła w jeziorze Wigry. Działania polegają na wspieraniu naturalnego tarła poprzez sztuczne zarybienia. Co roku do wód Wigier trafia wylęg wyhodowany w parkowej wylęgarni ryb. Lokalna populacja siei jest też wzmacniana poprzez zarybienia narybkiem pochodzącym z ośrodka hodowli ryb PZW w Gawrych Rudzie.
Zimowe koszenie trzciny na jeziorze Wigry (do 20 ha w układzie naprzemiennym) służy dwóm celom:
- poprawie warunków tarła ryb oraz bytowania narybku,
- stworzeniu miejsc lęgowych dla gatunków pływających (kaczki, perkozy, łyski, mewy, rybitwy).
Czynna ochrona płazów polega m.in. na zmniejszaniu śmiertelności tych zwierząt w czasie wędrówek z miejsc zimowania do wód. Staraniem parku wykonane zostały zabezpieczenia uniemożliwiające płazom wejście na drogę, gdzie zostałyby rozjechane kołami pojazdów, i pozwalające im bezpiecznie przejść na drugą stronę jezdni podziemnymi przejściami.
Choć starych drzew w lasach parku wciąż przybywa, nadal nie ma w nich dużej liczby drzew dziuplastych. Dlatego też leśnicy rozwieszają w różnych miejscach budki lęgowe, umożliwiając lęgi wielu gatunkom ptaków. Specjalne budki rozwieszane są również dla orzesznicy – ssaka z rodziny popielicowatych.
Jedną z form ochrony jest wyznaczanie stref ochronne wokół miejsc występowania, rozrodu lub regularnego przebywania. Na terenie parku wyznaczono:
- 7 stref wokół miejsc występowania granicznika płucnika,
- 2 strefy wokół gniazd bielika,
- 1 strefę wokół gniazda orlika krzykliwego,
- 1 strefę wokół gniazda bociana czarnego.
Nadzieja na nowe miejsca rozrodu bielika, rybołowa i bociana czarnego jest powodem budowania sztucznych platform gniazdowych. Dotychczas powstały 3 takie platformy, w planie są kolejne.
Niektórym roślinom i ich zbiorowiskom zagrażać może ekspansja gatunków obcego pochodzenia – tych, które mają zdolność do szybkiego opanowywania nowych siedlisk i wypierania z nich rodzimej flory. Dlatego tez park aktywnie zwalcza niektóre obce gatunki roślin. Udało się radykalnie zmniejszyć liczebność barszczu Sosnowskiego i niecierpka gruczołowatego.
Park zapewnia opiekę dzikim zwierzętom, które uległy wypadkom - znalezionym na terenie WPN lub dowiezionym z okolicy. Pod opieką pracownika parku oraz przy pomocy weterynarza w wolierze w Maćkowej Rudzie dochodzi do zdrowia wiele rannych ptaków, a niekiedy także ssaków. Te, które wyzdrowiały i są zdolne do samodzielnego życia, są wypuszczane na wolność.