W praktyce ochronnej okazało się, że prosty podział na ochronę ścisłą, czynną i krajobrazową jest niewystarczający. Na potrzeby parku obszary ochrony czynnej zostały zróżnicowane na cztery kategorie, w zależności od celów i sposobów działania: zachowawczą, stabilizującą, renaturyzacyjną i rekonstrukcyjną. Podobny podział zastosowano dla ochrony krajobrazowej, jednak w tym przypadku ma to charakter głównie postulatywny, gdyż w ogromnej większości dotyczy obszarów prywatnych, na które wpływ administracji parku jest ograniczony.
Większość zadań związanych z aktywną ochroną przyrody na obszarze znajdującym się w zarządzie WPN jest realizowana przez pracowników parku narodowego. Oni także odpowiadają za organizację badań naukowych i monitoringu środowiska, przygotowanie parku do zwiedzania, działalność edukacyjną oraz zwalczanie przestępstw i wykroczeń dotyczących ochrony przyrody. Dla osiągnięcia swoich celów park współpracuje z wieloma instytucjami i organizacjami oraz korzysta z krajowych i zagranicznych źródeł finansowania.
Skuteczna ochrona walorów przyrodniczych i krajobrazowych parku wymaga współpracy administracji parku z lokalnymi władzami samorządowymi, instytucjami, organizacjami i mieszkańcami WPN. Dotyczy to m.in. inwestycji związanych z ochroną środowiska, jak rozbudowa sieci wodociągowej i kanalizacyjnej, budowa i modernizacja oczyszczalni ścieków czy rozwiązywanie problemów dotyczących gospodarki odpadami. Szczególne znaczenie ma współpraca parku i samorządów przy sporządzaniu miejscowych planów zagospodarowania przestrzennego bądź przygotowywaniu decyzji lokalizacyjnych.
